Liqenet në rrethin e Tropojës janë të natyrës akullnajore, tektonike dhe artificiale. Ato ndikojnë në klimën e zonës, përhapjen e bimësisë dhe nivelin e zhvillimit të faunës. Liqenet kryesore janë: Liqeni i Ponarëve, Liqenet akullnajore të Sylbicës, Dobërdolit, Liqeni i Dashit, Liqenet e Jezercës, Liqenet e Qukut të Dunishës etj. Liqenet artificiale, të ndërtuara nga diga e hidrocentraleve përkatëse, Fierza dhe Komani, përbëjnë një rezervë të madhe natyrore hidroenergjitike.
